연구·인력개발비 세액공제는 기업이 기술 혁신과 인재 양성을 위해 지출한 비용의 일정액을 법인세(또는 소득세)에서 직접 공제해 주는 제도입니다. 2026년 현재, 기업의 경쟁력을 높이는 가장 강력한 세제 혜택 중 하나로 꼽히지만, 복잡한 요건 때문에 전문가의 도움이나 국세청의 사전 확인이 필수적입니다.
1. 기업 규모 및 기술별 세액공제율
2026년 기준으로 적용되는 공제율입니다. 투자하는 기술의 성격과 기업 규모에 따라 혜택이 달라지며, 중소기업은 일반 R&D에 대해 당기분과 증가분 중 유리한 방식을 선택할 수 있습니다.
구분 | 중소기업 | 일반기업 (중견기업 포함) |
|---|---|---|
국가전략기술 | 최대 50% | 최대 40% |
신성장·원천기술 | 최대 40% | 최대 30% ~ 40% (코스닥 중견 40%) |
일반 R&D (당기분) | 25% | 최대 2% (중견 8%) |
일반 R&D (증가분) | 50% | 25% (중견 40%) |
2. 세액공제 대상 비용과 주의사항
공제 혜택을 받기 위해서는 법령에서 정한 항목에 해당해야 하며, 제외되는 항목을 꼼꼼히 살펴야 추후 추징 리스크를 방지할 수 있습니다.
주요 공제 대상 항목
인건비: 연구개발 전담부서에서 근무하는 직원의 급여
재료비: 연구용으로 사용된 재료, 견본품, 시약류 구입비
위탁비: 특정 연구기관이나 외부 기업에 지출한 기술개발 위탁비
교육비: 직원의 직무 능력 향상을 위한 위탁 교육훈련비
반드시 확인해야 할 제외 항목
퇴직급여 등: 퇴직소득, 퇴직급여충당금, 퇴직연금 부담금은 인건비 공제 대상에서 제외됩니다.
정부 출연금: 국가로부터 지원받은 연구비로 지출한 금액은 세액공제를 받을 수 없습니다.
관리 인력: 연구소에 근무하더라도 연구 업무를 전담하지 않는 관리 직원의 인건비는 제외됩니다.
3. 가산세 리스크 0%, '사전심사 제도' 활용하기
세액공제를 신청하기 전, 지출한 비용이 공제 대상에 해당하는지 국세청에 미리 확인받는 제도입니다. 2026년 세무 신고의 불확실성을 해소하는 가장 안전한 방법입니다.
사전심사의 강력한 혜택
과소신고가산세 면제: 심사 결과에 따라 신고했다면, 나중에 과세당국과 견해 차이가 생겨도 가산세가 부과되지 않습니다.
사후관리 선정 제외: 심사받은 내용은 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외되어 세무조사 부담이 줄어듭니다.
보안 및 원본 반환: 제출 서류는 엄격히 비밀이 유지되며, 요청 시 원본 서류를 즉시 반환받을 수 있습니다.
신청 방법 및 서류
신청 시기: 법인세(소득세) 신고 전까지 (홈택스, 우편, 방문 접수)
제출 서류: 사전심사 신청서, 연구개발비 명세서, 연구개발 보고서
증빙 자료: 연구원 업무분장표, 급여대장, 재료비 집행 내역서, 연구노트 등
4. [필수] 연구노트 작성 및 5년 보관 의무
2026년 현재, 세액공제를 받는 모든 기업은 연구노트 등 증거 서류를 작성하고 보관할 의무가 있습니다.
작성 원칙: 연구과제별로 연구자, 작성일자, 기술개발 과정, 성공 및 실패 여부를 구체적으로 기록해야 합니다. 제3자가 해당 내용을 보고 연구 과정을 재현할 수 있을 정도의 상세함이 필요합니다.
보관 기간: 공제받은 과세연도 종료일로부터 5년 동안 반드시 보관해야 하며, 이는 세무조사 시 가장 먼저 확인하는 자료가 됩니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
연구소에 근무하는 모든 직원의 인건비가 공제되나요?
아니요. 연구 업무를 전담하지 않는 연구관리 직원이나 지원 인력의 인건비는 공제 대상에서 제외됩니다. 반드시 연구 전담 요원으로 등록되어 실제 연구 업무를 수행하는 인력이어야 합니다.
사전심사 결과에 이의가 있으면 어떻게 하나요?
심사 결과 통지를 받은 후 결과에 동의하지 않는 경우, '재심사 신청서'를 통해 1회에 한하여 다시 한번 검토를 요청할 수 있습니다.
연구노트는 어떤 형식으로 작성해야 하나요?
특별히 정해진 양식은 없으나, 연구 프로젝트별로 발상부터 실험 과정, 결과까지 진행 내역을 자유롭게 작성하되 작성자와 작성일자가 명확히 기록되어야 합니다.
정부 지원금을 받아 지출한 연구비도 공제되나요?
정부 출연금 등 국가로부터 지원받아 지출한 연구개발비는 세액공제 대상에서 제외됩니다. 전체 연구비 중 기업이 실제로 부담한 금액에 대해서만 공제가 가능합니다.
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