법인 부가세 신고, 세무대리인이 꼭 챙겨야 할 핵심 체크리스트는 무엇일까요?

법인 부가세 신고 시 세무대리인이 반드시 확인해야 할 사적 사용분 공제, 공통매입세액 안분계산, 보험차익 회계처리 등 실무 핵심 포인트를 정리했습니다.
클로브팀's avatar
Jan 26, 2026
법인 부가세 신고, 세무대리인이 꼭 챙겨야 할 핵심 체크리스트는 무엇일까요?

1. 법인 부가세 신고 일정 및 기본 원칙

법인사업자는 1년에 총 4번의 부가세 신고 의무가 있습니다. 예정신고와 확정신고의 기간을 정확히 파악하여 기한 내 신고가 이루어질 수 있도록 관리해야 합니다.

과세기간

구분

과세대상기간

신고납부기간

제1기

예정신고

1.1 ~ 3.31

4.1 ~ 4.25

확정신고

4.1 ~ 6.30

7.1 ~ 7.25

제2기

예정신고

7.1 ~ 9.30

10.1 ~ 10.25

확정신고

10.1 ~ 12.31

1.1 ~ 1.25

단, 직전 과세기간 공급가액 합계액이 1억 5천만 원 미만인 소규모 법인은 예정신고 대상에서 제외될 수 있습니다.


2. 실무에서 자주 발생하는 주요 검토 사항

세무대리인은 단순히 자료를 입력하는 것을 넘어, 국세청의 주요 적출 대상이 되는 항목들을 면밀히 검토해야 합니다.

신용카드 사적 사용 및 중복 공제 주의

  • 사적 사용 금액: 대표자 개인의 취미 활동이나 친인척 선물 등 사업과 무관한 지출을 사업용 카드로 결제하고 공제받는 사례는 주요 관리 대상입니다.

  • 중복 신고 방지: 동일한 매입 건에 대해 세금계산서와 신용카드로 중복 신고하지 않도록 주의가 필요합니다.

면세·과세 공통매입세액의 안분계산

  • 과세사업과 면세사업을 겸업하는 경우, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 공급가액 비율에 따라 안분하여 불공제 매입세액을 계산합니다.

  • 면세공급가액 비율이 5% 미만이면서 공통매입세액이 5백만 원 미만인 경우 등 특정 요건 충족 시에는 안분계산을 생략할 수 있습니다.

보험금 수령 및 차량 수리비 회계처리

  • 보험회사가 수리비를 직접 지급하더라도, 부가세 매입세액은 실제 수리를 받은 법인이 부담하고 공제받아야 합니다.

  • 보험금 수령액이 실제 수리비를 초과하는 경우 그 차액은 보험차익(영업외수익)으로 처리하며, 자기부담금은 차량유지비 등으로 계상합니다.

가수금과 가지급금 등 임시계정 정리

  • 결산 시점에는 가수금과 가지급금의 원인을 파악하여 적절한 계정과목으로 대체해야 합니다.

  • 특히 동일인에 대해 가수금과 가지급금이 동시에 존재한다면 반드시 상계 처리를 진행하여 불필요한 인정이자 계산 리스크를 줄여야 합니다.


3. 신고 누락 시 발생하는 가산세 리스크

신고 기한을 놓치거나 부정행위가 적발될 경우 무거운 가산세가 부과되므로 각별한 주의가 필요합니다.

  • 무신고 가산세: 납부세액의 20% (부정행위 시 최대 40%)

  • 납부지연 가산세: 미납세액 × 경과일수 × 2.2 / 10,000 (일별 부과)

  • 세금계산서 관련 가산세: 공급 시기를 잘못 판단하여 발급하거나 사실과 다른 세금계산서로 판명될 경우 부과됩니다.


자주 묻는 질문 (FAQ)

매출이 전혀 없는 무실적 법인도 신고해야 하나요?

네, 매출이 없더라도 신고는 필수입니다. 매입세액이 있다면 환급을 받을 수 있고, 신고를 누락할 경우 불성실의무자로 분류되어 추후 세무조사 등의 리스크가 발생할 수 있습니다.

직원 휴대폰 보조금도 매입세액 공제가 가능한가요?

회사 명의의 휴대폰을 제공하고 업무 수행에 필요하다고 인정되는 보조금은 통신비 영수증 등을 통해 비용 처리가 가능합니다. 전기통신사업자로부터 일정 요건을 갖춘 청구서를 수취하면 세금계산서로 인정받아 부가세 공제도 가능합니다.

사업자등록 전 지출한 비용은 공제받지 못하나요?

사업자등록 전이라도 주민등록번호로 발급받은 세금계산서는 공제가 가능합니다. 다만, 세금계산서 작성일자가 사업자등록일 이후라면 반드시 사업자등록번호로 수취해야 비용으로 인정받을 수 있습니다.


세무대리인을 위한 실무 관리 팁: 클로브파트너스를 통한 증빙 자동화

클로브 파트너스를 세무대리인과 수임고객이 함께 이용하면, 불편한 과정 없이 획기적으로 결산, 전표 처리 등의 업무를 할 수 있습니다.       

Share article

기업의 금융을 편리하게 하는 클로브AI