병원 진료비 감액 세무 실무: 환자 유형별 수익 인식 원칙과 감액확인서 작성 가이드

병원의 진료비 감액은 환자 유형에 따라 세무 처리가 완전히 달라집니다. 일반환자 수익 차감부터 임직원 근로소득 처리까지, 세무조사를 대비하는 감액확인서 보관법과 ERP 확인법을 확인하세요.
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Feb 13, 2026
병원 진료비 감액 세무 실무: 환자 유형별 수익 인식 원칙과 감액확인서 작성 가이드

병원의 진료비 감액(Discount)은 단순히 "수입이 줄어드는 것"으로 끝나는 것이 아니라, 그 대상이 누구냐에 따라 세무상 매출액이 달라지는 복잡한 영역입니다.

  • 일반 환자의 경제적 사정으로 인한 감액은 실제 수령액만 매출로 인정받습니다.

  • 임직원이나 원장의 특수관계인(가족 등)에게 제공하는 감액은 '복리후생비'나 '부당행위계산부인' 대상이 되어 정상가액 전체를 매출로 잡아야 할 수도 있습니다.

오늘은 병원의 감액 유형을 분류하고 세무 리스크를 방어하는 실무 지침을 정리해 드립니다.


1. 환자 유형별 진료비 감액 처리 기준

세무조사 시 국세청은 "누구에게, 왜 깎아주었는가"를 가장 먼저 확인합니다.

환자 유형

회계 처리 원칙

세무 처리 포인트

필수 증빙

일반 환자

실제 수령액만 수익 인식

수익에서 직접 차감 가능

감액확인서, 영수증

임직원 및 가족

정상가액 수익 + 복지비 처리

익금 산입, 근로소득세 과세

급여대장, 복리후생 규정

특수관계인

정상가액 100% 수익 인식

부당행위계산부인(정상가액 과세)

진료기록부

협약 기업

정상가액 수익 + 접대비 처리

접대비 한도 내 손금 인정

업무협약서(MOU)


2. 세무조사를 방어하는 감액 증빙 '3박자'

증빙이 부실할 경우 일반 환자에게 해준 선의의 감액조차 "매출 누락"으로 간주되어 과태료와 세금이 추징될 수 있습니다.

2.1 감액확인서 (환자 서명 필수)

경제적 사정 등 구체적인 사유와 함께 [정상가액 - 감액액 = 실제납부액]이 명시되어야 합니다. 환자 본인의 서명이 없는 확인서는 법적 효력이 낮습니다.

2.2 일별 감액 관리대장

매일 발생하는 감액 내역을 리스트업하여 월간·연간 통계를 관리해야 합니다. ERP 시스템과 연동하여 감액 비율이 비정상적으로 높지 않은지 상시 모니터링이 필요합니다.

2.3 임직원 근로소득 합산

임직원 본인이나 가족의 진료비를 깎아주었다면, 그 혜택(감액분)만큼을 해당 직원의 급여에 합산하여 원천징수해야 합니다. 이를 누락하면 병원 측에 법인세 상여처분 리스크가 발생합니다.


3. 실무 분개 프로세스 및 ERP 활용

유형별로 분개 로직을 설정해두면 결산 시 혼란을 방지할 수 있습니다.

  • 일반 환자 (50% 감액 시):

    (차) 현금 500,000 / (대) 의료수익 500,000

  • 임직원 (50% 감액 시):

    (차) 현금 500,000 / (대) 의료수익 1,000,000

    (차) 복리후생비 500,000 / (대) - (상대 계정)

    이후 500,000원을 해당 직원 급여에 '과세' 항목으로 추가


4. 실무자용 감액 관리 체크리스트

월말 마감 전, 아래 항목을 통해 세무 건전성을 점검하십시오.

단계

체크 항목

업무 포인트

증빙 점검

모든 감액 건에 '감액확인서'가 첨부되었는가?

누락 시 매출 누락 추징 위험

유형 분류

지인/가족 감액을 일반 감액으로 처리하지 않았는가?

특수관계인 무상진료 주의

급여 연동

임직원 혜택분이 급여대장에 과세 반영되었는가?

원천징수 이행 여부 확인

협약 대조

MOU 체결 기업의 할인율이 계약과 일치하는가?

접대비 계정 분류 확인


자주 묻는 질문(FAQ)

원장님 부모님 진료비를 안 받으면 매출로 잡아야 하나요?

네, 원칙적으로 그렇습니다. 특수관계인에게 정당한 사유 없이 무상으로 진료 서비스를 제공하는 것은 '부당행위계산부인' 대상입니다. 따라서 실제 수입이 없더라도 정상 진료비만큼을 매출(의료수익)로 잡고 세금을 내는 것이 세무적으로 가장 안전합니다.

감액 사유에 그냥 "원장님 지인"이라고 적어도 되나요?

세무상 권장되지 않습니다. "경제적 사정", "홍보 모델 협약", "학술 연구 대상" 등 객관적으로 인정받을 수 있는 사유여야 합니다. 가급적 병원 내부의 [감액 운영 규정]을 먼저 수립하고 그 기준에 따라 처리하십시오.


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