과면세 겸용 사업자의 고정자산 매입세액, 어떻게 안분하고 정산해야 할까요?

과세와 면세 사업을 겸영하는 사업자의 고정자산 매입세액 안분계산 실무 가이드입니다. 공통매입세액 안분 기준, 5% 재계산 룰, 과세 전환 시 매입세액 공제 및 매각 시 처리 방법을 상세히 정리했습니다.
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Jan 26, 2026
과면세 겸용 사업자의 고정자산 매입세액, 어떻게 안분하고 정산해야 할까요?

1. 공통매입세액 안분계산의 원칙과 예외 기준

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 고정자산을 매입할 때, 해당 자산이 두 사업에 공통으로 사용된다면 공통매입세액으로 보아 안분계산을 해야 합니다. 이는 과세사업 관련 매입세액만 공제받기 위함입니다.

안분계산 적용 순서

매입세액 안분계산은 원칙적으로 공급가액 비율을 기준으로 하며, 공급가액이 없는 경우에 한해 예외적인 기준을 순차적으로 적용합니다.

적용 순위

안분 기준

세부 내용

1순위 (원칙)

공급가액 비율

해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율

2순위 (예외)

예정사용면적 비율

건물을 신축·취득하여 면적 구분이 가능한 경우 우선 적용

3순위 (예외)

매입가액 비율

공통매입가액을 제외한 과세/면세 매입가액의 비율

4순위 (예외)

예정공급가액 비율

총 예정공급가액 중 면세사업 관련 예정공급가액의 비율

(주의사항: 고정자산 매각에 따른 공급가액은 안분계산 시 총공급가액에 포함하지 않습니다.)

2. 매입세액 정산 및 재계산 (5% Rule)

안분계산은 취득 시점에 한 번으로 끝나지 않습니다. 확정신고 시의 정산과 이후 면세 비율 변동에 따른 재계산 과정이 필수적입니다.

확정신고 시 정산

예정신고 시 안분계산한 매입세액은 해당 과세기간의 공급가액이 확정되는 확정신고 시에 반드시 정산해야 합니다.

감가상각자산의 재계산 (5% Rule)

취득일 이후 과세기간의 면세 비율이 최초 안분계산 시점(또는 최종 재계산 시점)과 비교하여 5% 이상 증감된 경우, 매입세액을 다시 계산하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 차감해야 합니다.

3. 면세사업용 자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제

당초 면세사업과 관련하여 매입세액을 공제받지 못한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우, 해당 과세기간에 매입세액을 공제받을 수 있습니다.

자산별 공제액 계산식

자산 구분

상각률

(과세기간당)

매입세액 공제액 계산식

건물 또는 구축물

5%

취득 시 불공제 매입세액

× (1 - 5% × 경과된 과세기간 수)

기타 감가상각자산

25%

취득 시 불공제 매입세액

× (1 - 25% × 경과된 과세기간 수)

(이때 경과된 과세기간 수는 취득일이 속하는 과세기간부터 과세사업에 사용한 날이 속하는 과세기간까지로 계산합니다.)

4. 공통사용 고정자산 매각 시 과세표준 안분

과세사업, 면세사업 공통으로 사용하던 자산을 매각할 때도 사용 목적에 따라 증빙 발행 방식이 달라집니다.

사용 구분

발행 증빙

발행 금액 및 기준

과세사업 전용

세금계산서

매각 금액 전체에 대해 발행

면세사업 전용

계산서

매각 금액 전체에 대해 발행

과세·면세 공통 사용

세금계산서 + 계산서

부가가치세법에 따라 과세표준을 안분하여 각각 발행
• 과세분: 세금계산서 발행
• 면세분: 계산서 발행

5. 안분계산 생략 및 배제 요건

실무적으로 다음의 경우에는 복잡한 안분계산을 생략하고 전액 공제하거나 불공제 처리할 수 있습니다.

  • 전액 공제 (안분 생략):

    • 해당 과세기간의 공통매입세액 합계액이 5만 원 미만인 경우

    • 면세공급가액 비율이 5% 미만이면서 공통매입세액이 5백만 원 미만인 경우

    • 신규 사업자가 해당 과세기간에 공급가액이 없어 안분계산을 생략한 경우

  • 전액 불공제 (배제):

    • 매입세액의 실지귀속이 전적으로 면세사업에만 해당하는 경우


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