연구개발전담부서를 운영하는 연구개발기관은 국가연구개발혁신법 매뉴얼에 따라 연구자의 인건비를 직접비 항목으로 현금 계상해야 하며, 이때 4대보험 사업주부담금과 퇴직급여충당금을 반드시 포함해야 합니다.
특히 2026년 행정안전부 고시 단가를 기준으로 인건비계상률(최대 100%)을 적용하여 과제별 한도를 설정하되, 실제 지급된 급여 실적에 따라 정산하는 과정이 필수적입니다. R&D 과제 수행 시 연구비 환수 리스크를 방지하기 위한 인건비 산정 및 정산 실무를 정리해 드립니다.
1. 2026년 국가연구개발혁신법 인건비 구성 및 계상 기준
혁신법에 따른 인건비는 연구자가 과제 수행 기간 동안 연구에 몰입하는 대가로 지급되는 비용을 의미하며, 세부 항목별 포함 여부를 정확히 구분해야 합니다.
1.1 인건비 구성 요소
포함 항목: 참여연구자의 세전 급여, 4대보험 사업주부담금, 퇴직급여충당금
별도 항목: 상여금 (연 400% 한도 내에서 별도 계상 가능)
주의 사항: 실제 급여 총액을 초과하여 계상할 수 없으며, 과제 종료 후 실지급액과의 차액은 정산 시 환수 대상이 됩니다.
1.2 2026년 직급별 월 단가 (행정안전부 고시 기준)
직급 | 월 단가 (기준) | 연봉 총액 (계상용) |
책임연구원 | 3,783,728원 | 약 4.54억 원 |
연구원 | 2,901,312원 | 약 3.48억 원 |
연구보조원 | 1,939,429원 | 약 2.33억 원 |
보조원 | 1,454,621원 | 약 1.75억 원 |
(참여율 100% 기준이며, 상여금 및 퇴직금은 별도로 고려합니다.)
2. 인건비계상률 산정 공식과 회계 처리 실무
인건비계상률은 해당 연구원의 실제 급여 대비 과제에서 지급하기로 한 인건비의 비중을 의미하며, 모든 과제의 합이 100%를 초과할 수 없습니다.
2.1 인건비계상률 산정 공식
공식: 인건비계상률 = (과제별 지급 인건비 / 연구원 연봉 총액) * 100%
예시
연봉 총액이 4.54억 원인 책임연구원이 6개월 동안 과제에 50% 참여하는 경우 계상액 = 4.54억* 50% * 6/12 = 1.14억 원
2.2 실제 현금 계상 시 회계 분개
급여 지급 시 연구비 통장에서 인건비를 인출하여 처리할 때, 예수금과 퇴직충당금을 명확히 구분하여 전표를 생성해야 합니다.
(차) 연구개발비용 3,784만 원 / (대) 예수금(연구원) 3,500만 원 4대보험대(회사) 200만 원 퇴직급여충당부채 84만 원
3. R&D 세액공제 연계 및 증빙 관리
계상된 인건비는 단순한 연구비 집행을 넘어 법인세 신고 시 R&D 세액공제(중소기업 최대 50%)의 핵심 증빙이 됩니다.
3.1 필수 증빙 서류 체크리스트
세무조사 및 과제 정산 시 인건비 적정성을 입증하기 위해 다음 서류를 5년간 보관해야 합니다.
인사/급여 관련: 급여명세서, 4대보험 가입자 명부 및 납부 확인서, 퇴직급여충당금 적립 내역
참여 증빙: 연구노트, 타임시트(참여율 증빙), 연구원 변경 내역 보고서
세무 증빙: R&D 세액공제 증빙 서류 (연구개발계획서, 연구개발 보고서 등)
3.2 관리 효율화를 위한 자동화 포인트
관리 항목 | 실무 적용 방식 | 기대 효과 |
직급 단가 자동 로드 | 행안부 고시 단가를 마스터 데이터에 연동 | 인건비 과다/과소 계상 리스크 제거 |
계상률 한도 체크 | 개인별 모든 과제 참여율 합계 실시간 모니터링 | 참여율 100% 초과에 따른 불인정 방지 |
증빙 일괄 생성 | 급여 데이터와 연구 과제 코드를 연동하여 세액공제 서류 생성 | 법인세 신고 시 업무 부하 감소 |
자주 묻는 질문(FAQ)
연구원의 실제 급여가 고시 단가보다 낮은데 고시 단가대로 계상해도 되나요?
아니요. 국가연구개발혁신법상 인건비는 '실제 지급하는 급여'를 기준으로 합니다. 고시 단가는 계상할 수 있는 '최대 한도'를 의미하므로, 실제 급여가 이보다 낮다면 실제 지급액에 참여율을 곱한 금액만큼만 계상해야 합니다. 이를 어길 경우 정산 시 차액이 전액 환수됩니다.
퇴직급여충당금을 인건비에 포함하지 않으면 어떻게 되나요?
퇴직급여충당금은 연구자의 인건비에 포함되는 필수 항목입니다. 이를 누락하고 급여만 계상할 경우, 실제 회사가 부담하는 연구비 총액이 낮게 측정되어 과제 수행의 재무적 부담이 커지며, 추후 세액공제 산정 시에도 손해를 볼 수 있습니다.
과제 수행 중에 연구원이 퇴사하면 인건비 정산은 어떻게 하나요?
연구원이 중도 퇴사한 경우, 퇴사일까지의 실제 급여 실적과 참여율을 계산하여 인건비를 정산합니다. 남은 잔액은 과세당국 또는 전문기관의 승인을 얻어 신규 연구원 인건비로 전용하거나 반납해야 합니다.
국가연구 R&D 인건비는 정산 과정이 매우 까다롭고 오류 발생 시 환수 조치가 강력하므로 초기 계상 단계부터 정확한 기준 적용이 필수적입니다.
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