수정수입세금계산서 발급 제한, 2026년부터 무엇이 달라질까요?

2026년 1월 1일부터 시행된 관세청의 '수정수입세금계산서 발급 지침' 핵심 정리! 세무대리인이 반드시 알아야 할 미발급 기준 명확화와 납세자 권익 보호 방안을 지금 확인하세요.

Jan 26, 2026

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수입 물품에 대한 부가가치세 매입세액 공제는 기업의 자금 흐름에 매우 중요한 요소입니다. 하지만 관세 조사 등으로 세액이 경정될 때, 수정수입세금계산서가 발급되지 않아 매입세액 공제를 받지 못하는 사례가 종종 발생하여 납세자와 세관 간의 갈등이 있어 왔습니다.

관세청은 이러한 혼란을 줄이고 행정의 투명성을 높이기 위해 「수정수입세금계산서 발급 지침」을 마련하여 2026년 1월 1일부터 시행했습니다. 세무대리인으로서 꼭 챙겨야 할 핵심 포인트를 짚어보겠습니다.

1. 수정수입세금계산서 미발급 기준의 명확화

수정수입세금계산서는 원칙적으로 발급되지만, 부가가치세법상 특정 사유에 해당하면 발급이 제한됩니다. 이번 지침은 이 '미발급 사유'를 더욱 구체화했습니다.

부정한 행위: 관세포탈 등으로 고발되거나 통고처분을 받은 경우, 또는 부정한 방법으로 과소신고한 경우
중대한 잘못:
- 특수관계자 거래 자료 미제출 또는 허위 제출
- 관세조사 결과 통지 후에도 동일한 오류를 다음 신고 시 반복
- 세관의 보정 신청 통지에도 불구하고 정당한 사유 없이 수정하지 않은 경우
- 가격신고 서류나 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우

이번 지침은 모호했던 기준을 구체적인 사례와 범위로 한정하여 납세자의 예측 가능성을 높였습니다.

지침은 '반복 오류'를 판단하는 기준을 명확히 하여 과도한 발급 제한을 방지합니다.

가격신고 시 제출한 서류가 객관적 사실과 명백히 다르거나 허위인 경우를 판단하는 세부 기준이 마련되었습니다. 특히 이 기준은 2026년 1월 1일 이후 가격신고 분부터 적용되므로 주의가 필요합니다.

세관의 일방적인 미발급 처분으로 인한 피해를 막기 위해 납세자의 대응 절차도 강화되었습니다.

수정수입세금계산서가 발급되지 않으면, 수입자가 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 이는 기업에 직접적인 세부담 증가로 이어집니다.

이번 지침에 따라 적용 기간은 직전 관세조사 등으로 한정됩니다. 또한, HS 코드 오류는 동일·유사 물품에 대해서만, 가격 누락은 동일 거래조건인 경우에만 반복 오류로 간주하여 기준을 명확히 했습니다.

가격신고의 중대한 하자를 판단하는 세부 기준은 2026년 1월 1일 이후 행해지는 가격신고 분부터 적용됩니다. 다만, 허위신고와 같은 명백한 위반 행위는 지침 시행 전이라도 기존 법령에 따라 제한될 수 있습니다.

납세자는 미발급 처분 과정에서 자신의 의견을 소명할 수 있으며, 처분 이후에도 위원회를 통해 이의를 제기할 수 있는 절차가 마련되어 있으므로 이를 적극 활용해야 합니다.

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