사업자단위과세제도 완벽 정리: 주사업장총괄납부와 차이점부터 신청 절차까지

다수 사업장을 운영하는 고객사를 위한 사업자단위과세제도 핵심 요약! 주사업장총괄납부와의 차이점, 세금계산서 발급 특례, 신청 및 포기 절차를 실무 관점에서 정리했습니다.

Jan 23, 2026

Contents

1. 사업자단위과세제도란?

사업자단위과세제도는 2개 이상의 사업장을 운영하는 사업자가 각 사업장별로 등록·신고·납부하는 번거로움을 줄이기 위해, 본점 또는 주사무소 한 곳에서 모든 사업장의 부가가치세 관련 의무를 일괄적으로 처리할 수 있도록 하는 제도입니다.

많은 분이 헷갈려 하시는 '주사업장총괄납부'와는 관리 범위에서 큰 차이가 있습니다.

과세표준 신고, 세금계산서 합계표 제출 등 부가가치세법에 따른 모든 의무를 본점(또는 주사무소)에서 한 번에 수행합니다.

일반적으로 제조장에서 판매장으로 재화를 반출하는 경우(직매장 반출)는 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 발급해야 합니다. 하지만 사업자단위과세 적용 시에는 이를 재화의 공급으로 보지 않아 세금계산서 발급 의무가 없습니다.

고객사의 상황(기존 사업자 vs 신규 사업자)에 따라 신청 기한을 엄수해야 합니다.

기존 사업자: 적용받고자 하는 과세기간 개시 20일 전까지 신청 (예: 1기부터 적용 시 전년도 12월 11일까지).
신규 사업자: 사업자등록증을 받은 날부터 20일 이내에 신청.
사업장 추가 시: 기존 사업자가 사업장을 추가할 경우, 추가 사업장 개시일부터 20일 이내에 변경등록을 하면 해당 과세기간부터 바로 적용 가능.

실무 중 사업장 이전이나 신설이 발생할 경우 아래의 기준에 따라 처리합니다.

변경승인 의제: 사업장 이전, 종된 사업장 신설, 업종 변경 등이 발생하여 정정신고서나 변경신고서를 제출한 경우 변경승인을 얻은 것으로 봅니다.
포기신고: 각 사업장별 신고·납부 체제로 돌아가고 싶다면, 해당 과세기간 개시 20일 전까지 포기신고서를 제출해야 합니다.

사업자단위과세를 적용하면 본점(주사무소)의 사업자등록번호 하나로 통합 관리됩니다. 따라서 종된 사업장은 별도의 사업자등록번호를 가지지 않으며, 모든 대외 거래는 본점의 번호로 이루어집니다.

네, 가능합니다. 다만 적용하고자 하는 과세기간 개시 20일 전까지 사업자단위과세 승인 신청을 완료해야 하며, 이 경우 기존의 총괄납부 승인은 효력을 잃게 됩니다.

종된 사업장을 신설하는 경우, 사업자단위과세 적용 사업장 관할 세무서장에게 '종된사업장변경신고서'를 제출하면 됩니다. 이 경우 별도의 승인 절차 없이 신고서 접수 시점에 변경승인을 얻은 것으로 봅니다.

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