⑥ 업종별 세금 가이드라인 - 제약산업

💡 이 글을 읽으면 알 수 있어요!

• R&D 세액공제의 위력: 연구인력 인건비와 장비 임차료를 활용해 법인세를 줄이는 법 🎯

• 재고 폐기의 기술: 유통기한 경과 의약품을 세무상 비용(손금)으로 완벽히 인정받는 증빙 노하우

• 회계 처리의 갈림길: 연구개발비를 '비용'으로 볼 것인가, '자산'으로 볼 것인가에 대한 기준 ✅

"제약산업의 세무는 연구실에서 시작되어 장부에서 완성됩니다"

제약산업은 일반적인 제조업의 틀로는 설명하기 어려운 독특한 세무 구조를 가지고 있습니다. 막대한 자금이 투입되는 연구개발(R&D)과 임상시험, 그리고 생명과 직결되는 제품 특성상 엄격하게 관리되는 재고 유통기한까지.

모든 과정이 세무 리스크이자 동시에 절세의 기회이기도 합니다.

특히 2026년 현재, 신성장·원천기술에 대한 세제 혜택이 강화되면서 R&D 비용을 어떻게 분류하느냐에 따라 기업의 실질 이익이 수억 원씩 달라질 수 있습니다. 불필요한 세무 조사를 방지하고 기업의 가치를 지키기 위해 제약사가 반드시 챙겨야 할 4가지 세무 포인트를 정리해 드립니다 🚀

1. R&D 세액공제: 법인세를 직접 깎아주는 가장 강력한 무기

제약산업에서 연구개발비는 단순한 지출이 아니라 법인세 공제의 핵심 자산입니다.

• 공제 범위의 확대: 연구 직접 참여 인력의 인건비는 물론, 연구용 장비의 감가상각비와 임차료까지 일정 요건 하에 공제 대상이 됩니다 📉

• 기술 분류가 관건: 신성장·원천기술로 분류될 경우 일반 R&D보다 훨씬 높은 공제율을 적용받을 수 있습니다. 무작정 비용 처리하기보다 세무 기준에 맞춰 활동별로 비용을 라벨링하는 관리가 선행되어야 합니다.

2. 유통기한과 재고 관리: '객관적 증빙' 없이는 비용이 아닙니다

의약품은 유통기한에 매우 민감합니다. 기한이 지났거나 임상 실패로 가치가 사라진 재고를 처리할 때 세무상 주의가 필요합니다.

• 손금 인정의 조건: 단순히 장부에서 제거하는 것만으로는 부족합니다. 실제 폐기 사진, 폐기물 처리 확인서 등 제3자가 확인 가능한 객관적 증빙이 완벽해야만 세무상 비용(손금)으로 인정받을 수 있습니다 📊.

• 입증 부족의 대가: 증빙이 부실하면 해당 금액만큼 세금이 가산되는 것은 물론, 기업의 재무 건전성 신뢰도에도 타격을 입을 수 있습니다.

3. 판촉비와 리베이트: 철저한 내부 규정이 방어막입니다

제약업계의 접대비와 판촉비는 과세당국이 가장 예리하게 지켜보는 항목 중 하나입니다.

• 비용 부인 리스크: 지출 목적과 대상이 불분명한 비용은 세무상 비용으로 인정받지 못할 가능성이 매우 높습니다 🛠️

• 윤리강령 준수: 한국제약바이오협회의 기업윤리강령에 부합하는 내부 지출 규정을 수립하고, 이에 따른 증빙 관리를 시스템화하는 것이 불필요한 추징을 막는 유일한 방법입니다.

4. 연구개발비 회계 처리: 자산인가, 비용인가?

R&D 비용을 당기 비용(경상연구개발비)으로 처리할지, 무형자산(개발비)으로 처리할지에 따라 기업의 손익이 크게 뒤바뀝니다.

• 임상 단계별 기준: 임상 1, 2, 3상 등 각 단계에 따른 회계 처리 기준을 명확히 정립해야 합니다 ⚖️ 기준 없이 자산화했다가 추후 임상 실패 시 한꺼번에 손실로 반영되면 주가와 신용도에 치명적인 왜곡을 줄 수 있습니다.

• 내부 지침의 필요성: 기술료 상각이나 임상 단계별 처리 기준에 대한 견고한 내부 지침이 있어야만 세무조사 시 대응 논리를 확보할 수 있습니다.

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