③ 업종별 세금 총정리 - 약국업

소매업 같지만 세무는 전문직! 약국업만의 복잡한 과세·면세 혼합 구조와 판매 장려금 누락 리스크, 복식부기 의무까지 약사님이 반드시 챙겨야 할 4가지 세무 포인트를 정리했습니다.
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Feb 05, 2026
③ 업종별 세금 총정리 - 약국업

💡 이 글을 읽으면 알 수 있어요!

  • 전문직의 숙명: 약국이 원칙적으로 '복식부기 의무자'인 이유와 관리법 🎯

  • 매출의 이중성: 처방전(면세)과 일반약(과세) 매출 혼합에 따른 부가세 관리

  • 누락 주의보: 제약사 판매 장려금과 공단 정산금을 매출로 잡지 않았을 때의 리스크 ✅


약국은 소매업의 외형을 가졌지만, 세무는 '전문직 의료업'입니다

세무 측면에서는 전문직의 책임과 의료업의 특수성이 동시에 적용되는 까다로운 업종입니다. 조제와 판매가 공존하는 구조 탓에 과세와 면세가 뒤섞여 있고, 건강보험공단과의 정산 과정까지 얽혀 있어 일반적인 자영업 방식으로는 관리가 불가능합니다.

복식부기 의무부터 판매 장려금 처리까지, 사소한 신고 누락 하나가 수천만 원의 가산세로 이어질 수 있는 약국업의 특성을 이해해야 합니다. 올해, 안정적인 약국 경영을 위해 반드시 사수해야 할 4가지 세무 포인트를 정리해 드립니다 🚀


1. 원칙적 '복식부기 의무자': 장부 작성이 기본

세법상 약국업은 전문직 업종으로 분류되어 매출 규모와 관계없이 원칙적으로 복식부기 의무자에 해당합니다.

  • 추계 신고 불가: 단순히 매출 대비 경비율을 적용해 소득을 때려 맞히는 방식은 허용되지 않습니다.

  • 체계적 기록: 자산, 부채, 수익, 비용의 변화를 차변과 대변으로 나누어 기록하는 정교한 장부 관리가 필요합니다 📉 회계 지식이 부족한 상태에서 직접 처리하기엔 리스크가 크므로, 반드시 전문적인 시스템이나 대리인을 통한 관리가 권장됩니다.


2. 과세·면세 혼합 매출: 부가세 공제의 갈림길

약국 매출의 가장 큰 특징은 과세와 면세 매출이 한 지붕 아래 공존한다는 점입니다.

매출 구분

상세 항목

부가세 성격

조제 매출

의사 처방전에 따른 전문의약품 조제 수입

면세

판매 매출

일반의약품, 영양제, 의료기기, 의약외품 등

과세

  • 매입세액 공제의 분리: 조제용 전문약 매입분은 면세라 부가세 공제가 안 되지만, 일반약 매입분은 공제가 가능합니다 📊 이 구분이 모호해지면 불필요한 세금을 더 내거나, 반대로 추징을 당할 위험이 큽니다.

💡


3. 판매 장려금 누락: 국세청은 이미 알고 있습니다

약국이 제약회사나 도매상으로부터 받는 판매 장려금(리베이트 성격의 이익 포함)은 종합소득세 신고 시 반드시 수입금액에 포함해야 합니다.

  • 데이터 교차 검증: 제약회사는 이미 해당 금액을 비용으로 처리해 국세청에 신고한 상태입니다 🛠️. 국세청 전산망에 남아 있는 자료와 약국의 신고액이 일치하지 않으면 즉각적인 세무 조사나 추징의 대상이 됩니다.


4. 건강보험공단 정산금: 확정된 수익은 매출!

건강보험공단에서 심사 후 사후 지급되는 정산 금액 역시 회계상 수익으로 인식해야 합니다.

  • 매출 인식 시점: 일반적으로 정산이 확정된 회계연도의 매출로 잡아야 합니다. 이를 누락할 경우 과소 신고에 따른 가산세가 발생할 수 있습니다 ⚖️

  • 복합 리스크 관리: 약국은 매출 규모가 커질수록 장부 관리의 오류 가능성도 커집니다. 특히 공단 정산금과 카드 매출, 현금 매출이 섞이는 과정에서의 정밀한 정산 체계가 필요합니다.


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