면세사업 전용 시 매입세액 공제와 간주공급, 어떻게 처리하나요?

과세사업용 재화의 면세 전용(간주공급)과 면세사업용 재화의 과세 전용(매입세액 공제)에 대한 핵심 세무 처리 원칙을 정리했습니다. 감가상각자산 계산식부터 소득세 필요경비 처리까지, 세무대리인을 위한 실무 지침을 확인하세요.
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Jan 26, 2026
면세사업 전용 시 매입세액 공제와 간주공급, 어떻게 처리하나요?

1. 과세사업용 재화의 면세사업 전용 (간주공급)

과세사업을 위해 매입세액을 공제받은 재화를 면세사업에 사용하는 경우, 부가가치세법상 '간주공급'에 해당하여 매출세액을 납부해야 합니다.

1.1. 과세 원칙 및 적용 시점

  • 단회 과세 원칙: 간주공급에 대한 부가가치세는 전용 시점에 단 한 번만 과세됩니다.

  • 신고 방법: 전용일이 속하는 과세기간의 부가가치세 신고 시 매출세액에 포함하여 납부하며, 이후 신고 시마다 반복해서 계산하지 않습니다.

  • 추가 전용 시: 만약 기존 전용분 외에 추가로 재화를 전용한다면, 그 시점에 새로운 간주공급으로 보아 별도 과세합니다.

1.2. 규정의 취지

이 규정은 당초 공제받았던 매입세액을 면세사업 전용 시점에 사후적으로 환수하는 데 목적이 있습니다. (부가가치세법 제10조 제1항 및 집행기준 40-81-2 등 근거)


2. 면세사업용 재화의 과세사업 전환 (매입세액 공제)

반대로 면세사업에 사용하던 재화를 과세사업에 전용하는 경우, 당초 공제받지 못했던 매입세액을 일정 요건 하에 공제받을 수 있습니다.

2.1. 감가상각자산의 매입세액 공제액 계산

면세사업 관련 매입세액 중 감가상각자산에 대해서는 아래의 계산식에 따라 전용 시점에 매입세액 공제가 가능합니다.

자산 구분

매입세액 공제액 계산식

상각률

(과세기간당)

건물 또는 구축물

취득 시 불공제 매입세액 × (1 - 5% × 경과 과세기간 수)

5%

기타 감가상각자산

취득 시 불공제 매입세액 × (1 - 25% × 경과 과세기간 수)

25%

2.2. 공통 사용 시 안분 계산 및 제한

  • 안분 계산: 과세와 면세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우, 공급가액 비율 등에 따라 안분하여 공제합니다.

  • 공제 제한: 과세사업에 사용되는 비율이 5% 미만인 경우에는 해당 매입세액을 공제받을 수 없습니다.


3. 면세사업 관련 매입세액의 소득세 처리

부가가치세법상 공제받지 못하는 면세사업 관련 매입세액은 영구적으로 소멸하는 비용이 아닙니다.

  • 필요경비 산입: 면세사업 자체와 관련된 매입세액은 부가가치세 신고 시 공제는 불가능하지만, 종합소득세 신고 시 필요경비로 처리하여 소득세 부담을 줄일 수 있습니다.

  • 실무 팁: 매입 시 세금계산서 등 법정증빙을 잘 갖추어 두어야 소득세법상 비용 인정을 원활하게 받을 수 있습니다.


자주 묻는 질문 (FAQ)

면세사업 전용 시 간주공급 과세는 매번 신고 때마다 계산해야 하나요?

아니요. 전용 시점에 단 한 번만 과세하는 것이 원칙입니다. 해당 과세기간에 신고·납부했다면 이후 과세기간에 동일한 자산에 대해 반복해서 신고할 필요는 없습니다.

면세사업 관련 매입세액을 부가가치세로 공제받지 못하면 손해인가요?

부가가치세로 공제받지는 못하지만, 해당 금액은 자산의 취득원가나 비용에 포함됩니다. 따라서 종합소득세 신고 시 필요경비로 반영되어 결과적으로 소득세 절세 효과를 얻을 수 있습니다.

과세사업 전환 시 모든 자산에 대해 매입세액 공제가 가능한가요?

원칙적으로 감가상각자산이 주요 대상이며, 건물은 10년(과세기간 20회), 기타 자산은 2년(과세기간 4회)의 경과 규정이 적용됩니다. 또한 과세사업 사용 비율이 5% 미만인 경우에는 공제가 제한되므로 주의가 필요합니다.


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