초기 스타트업이나 1인 법인 대표에게 프리랜서 활용은 고정 인건비 부담 없이 전문 인력을 확보하는 가장 현실적인 선택입니다. 국세청 통계에 따르면 사업소득 원천징수 신고 건수는 매년 증가세를 보이고 있고, 특히 소규모 법인의 프리랜서 의존도는 더욱 높아지는 추세입니다.
문제는 비용처리 과정에 있습니다. "3.3%를 떼고 이체하면 끝"이라는 인식이 널리 퍼져 있지만, 원천세 신고 없이 지급한 프리랜서 대가는 법인의 비용으로 인정되지 않습니다. 계약서와 이체확인증만 남겨둔 채 신고를 누락하면, 결산 시점에 해당 금액이 모두 인정되지 않을 수 있는 것이죠.
그래서 이 글에서는 아직 프리랜서 비용처리가 낯설고, 바뀌는 트렌드를 놓칠까 두려운 대표님들을 위해 2026년 세법 환경에서 프리랜서 비용처리의 정확한 절차와 실무에서 빈번하게 발생하는 실수, 그리고 반복 업무를 줄이는 방법을 정리하려 합니다.
3.3%의 정체: 원천징수 구조를 먼저 이해해야 합니다
프리랜서에게 용역 대가를 지급할 때 원천징수하는 3.3%는 소득세 3%와 지방소득세 0.3%를 합한 것입니다. 이 금액은 프리랜서 본인이 다음 해 5월 종합소득세를 신고할 때 이미 낸 세금으로 공제받는, 일종의 선납 세금인 셈이죠.
여기서 많은 대표님들이 놓치는 부분이 있습니다. 3.3%를 떼고 이체한 것은 비용처리의 '시작'이지 '완료'가 아니라는 점입니다. 원천징수 의무자인 법인은 지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천세를 신고·납부해야 하고, 다음 달 말일까지 간이지급명세서를 홈택스에 제출해야 합니다. 이 두 단계를 모두 거쳐야 해당 지출이 비용으로 온전히 인정됩니다.
사업소득과 기타소득의 구분도 놓치기 쉬운 부분입니다. 프리랜서와의 거래가 계속적·반복적 용역이면 사업소득(3.3%), 일시적·우발적 용역이면 기타소득(8.8%, 필요경비 60% 적용 기준)으로 원천징수해야 합니다. 소득 유형을 잘못 적용하면 가산세 대상이 될 수 있으니, 계약 단계에서 용역의 성격을 명확히 정의해 두는 것이 좋습니다.
2026년, 프리랜서 비용처리 환경에서 달라진 것
2026년 세법 개정에서 프리랜서 원천징수 세율(3.3%) 자체는 변경되지 않았습니다. 하지만 프리랜서를 활용하는 법인이 주의해야 할 주변 환경에는 분명한 변화가 있습니다.
첫째, 가공세금계산서 가산세가 강화되었습니다. 실제 용역 공급 없이 세금계산서를 발급하거나 수취하는 경우, 가산세율이 공급가액의 3%에서 4%로 올랐습니다(2026년 1월 1일 이후 적용). 프리랜서에게 사업소득을 지급할 때는 원천징수영수증으로 처리하는 것이 원칙이지만, 사업자등록을 가진 프리랜서와 거래하면서 세금계산서를 주고받는 사례도 있습니다. 이때 용역의 실체가 불분명하면 종전보다 더 큰 불이익을 받게 되는 것이죠.
둘째, 간이지급명세서 매월 제출에 대한 관리가 엄격해지고 있습니다. 사업소득 간이지급명세서의 매월 제출은 2021년 7월부터 시행 중이지만, 아직도 소규모 법인 상당수가 이 의무를 인지하지 못하고 있습니다. 미제출 가산세는 지급금액의 0.25%이며, 기한 후 1개월 이내에 제출하면 0.125%로 감경됩니다. 참고로 근로소득 간이지급명세서의 매월 제출은 당초 2026년 시행 예정이었으나, 2027년 1월로 1년 유예된 상태입니다.
셋째, 프리랜서와 근로자의 경계를 과세 당국이 더 면밀히 보고 있습니다. 특수형태근로종사자에 대한 고용보험 의무 가입 직종이 14개로 확대되면서, 계약서에는 '프리랜서'라고 적혀 있어도 실질이 근로관계에 해당하면 4대보험 소급 적용이나 근로소득 원천징수 재계산이 발생할 수 있습니다. 업무 지시·감독 여부, 전속성, 근무 장소·시간 제한 등을 종합적으로 판단하므로, 프리랜서 계약 체결 시 이런 요건을 미리 점검해 두는 것이 안전합니다.
1인 대표를 위한 프리랜서 비용처리 4단계
전담 경리 인력 없이 대표가 직접 자금을 관리하는 1인 법인이라면, 다음 네 단계를 순서대로 밟아야 합니다.
1단계: 계약 체결 및 소득 유형 확정
프리랜서와 용역 계약서를 작성하면서 용역 내용, 대가, 지급 시기를 명시합니다. 계속적·반복적 용역이면 사업소득(3.3%), 일회성 용역이면 기타소득(8.8%)으로 원천징수 유형을 확정하면 됩니다.
2단계: 대가 지급 시 원천징수
합의된 대가에서 원천징수세액을 공제하고 나머지를 이체합니다. 100만 원 용역 기준으로 보면, 3만 3천 원을 원천징수하고 96만 7천 원을 프리랜서에게 지급하는 구조입니다.
3단계: 원천세 신고·납부
지급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 홈택스에서 원천세를, 위택스에서 지방소득세를 각각 신고·납부합니다. 반기 납부 승인을 받은 사업자라면 상반기분은 7월 10일, 하반기분은 다음 해 1월 10일까지 신고하면 됩니다.
4단계: 간이지급명세서 및 지급명세서 제출
사업소득의 경우, 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 간이지급명세서를 홈택스에 제출합니다. 기타소득은 분기별 제출이 원칙이고, 연간 지급명세서는 다음 해 3월 10일까지 별도 제출해야 합니다.
네 단계 중 하나라도 빠지면 비용 인정이 불완전해지거나 가산세가 붙습니다. 특히 3단계(원천세 신고)를 누락하면 해당 비용 자체가 인정되지 않을 수 있으니, 가장 신경 써야 할 부분입니다.
실무에서 반복되는 3가지 실수
원천세 신고 없이 계약서와 이체내역만 보관하는 경우
가장 흔한 실수입니다. 계약서와 이체확인증은 거래가 있었다는 사실을 입증할 뿐, 세법상 비용 인정 요건을 충족시키지는 못합니다. 원천세 신고가 빠지면 해당 금액이 비용으로 인정되지 않을 수 있고, 원천징수 불이행 가산세까지 추가됩니다. 이체를 했으니 끝이라고 생각하기 쉽지만, 신고까지 마쳐야 비로소 비용처리가 완성되는 것이죠.
사업소득과 기타소득을 혼동하는 경우
매달 정기적으로 디자인 작업을 맡기는 프리랜서에게 기타소득(8.8%)으로 원천징수하거나, 반대로 일회성 강연료를 사업소득(3.3%)으로 처리하는 사례가 생각보다 많습니다. 소득 유형이 잘못되면 세액의 과부족이 생기고, 프리랜서 본인의 종합소득세 신고에도 영향을 주게 됩니다.
간이지급명세서 제출을 누락하는 경우
원천세 신고와 간이지급명세서 제출은 별개의 의무입니다. 원천세는 제때 납부했는데 간이지급명세서를 깜빡하는 경우가 적지 않습니다. 미제출 가산세는 지급금액의 0.25%로, 매월 300만 원을 지급하는 프리랜서 한 명 기준으로 연간 9만 원의 가산세가 쌓일 수 있습니다. 소액이라 가볍게 보기 쉽지만, 프리랜서가 여러 명이면 금방 부담이 커집니다.
반복되는 관리 업무를 자동화하는 방법
프리랜서 비용처리에서 정작 어려운 부분은 세율 적용이 아닙니다. 매달 돌아오는 신고 기한과 증빙 관리를 빠짐없이 챙기는 것이 진짜 과제입니다. 프리랜서가 2~3명만 되어도 매월 관리해야 할 건수가 급격히 늘어나고, 엑셀 수기 관리로는 누락을 완전히 막기 어렵습니다.
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반복적인 데이터 정리는 시스템에 맡기고, 대표님은 신고 판단과 사업 의사결정에 시간을 집중하는 것이 훨씬 합리적입니다. 클로브AI의 모든 기능은 무료로 제공됩니다.