직원 인건비 3.3%로 신고할 때의 리스크, 정부 단속 주의

인건비 부담이 커지면서 일부 사업장에서는 직원을 고용하면서도 4대보험 대신 3.3% 원천징수 방식(프리랜서)으로 처리하는 경우가 있습니다. 겉으로 보기에는 세금과 보험료 부담을 줄일 수 있는 방법처럼 보이지만, 이 방식에는 명확한 리스크가 존재합니다.
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Feb 05, 2026
직원 인건비 3.3%로 신고할 때의 리스크, 정부 단속 주의

인건비 부담이 커지면서 일부 사업장에서는 직원을 고용하면서도 4대보험 대신 3.3% 원천징수 방식(프리랜서)으로 처리하는 경우가 있습니다.

겉으로 보기에는 세금과 보험료 부담을 줄일 수 있는 방법처럼 보이지만, 이 방식에는 명확한 리스크가 존재합니다.

특히 최근에는 고용노동부와 국세청이 함께 단속을 강화하고 있어 주의가 필요합니다.


‘직원’이 아닌 경우에도 3.3% 신고가 가능할까?

3.3% 원천징수는 근로자가 아니라 사업소득자(프리랜서)에게 적용되는 방식입니다.

일시적인 용역 제공, 외주 계약, 결과물 중심의 업무 관계에 해당할 때만 허용됩니다.

반대로 아래 조건에 해당하면 명칭과 관계없이 근로자로 판단될 가능성이 높습니다.

  • 정해진 출퇴근 시간이 있습니다

  • 사업주의 지휘·감독을 받습니다

  • 월급 형태로 고정 급여를 지급합니다

  • 회사 업무에 상시적으로 종속되어 있습니다

이 경우 3.3%로 신고하더라도 법적으로는 근로자에 해당합니다.


가장 큰 리스크는 ‘사후 적발’입니다

근로자를 프리랜서로 신고한 사실이 적발되면, 문제는 그 시점에서 끝나지 않습니다.

대부분 과거 소급 적용으로 처리됩니다.

대표적인 리스크는 다음과 같습니다.

1. 4대보험료 소급 추징

  • 국민연금, 건강보험, 고용보험, 산재보험

  • 최대 수년치 보험료가 한 번에 부과될 수 있습니다

  • 사업주 부담분까지 포함되기 때문에 금액이 큽니다

급여의 약 20%에 가까운 보험료가 한 번에 청구되는 경우도 발생합니다.

2. 세금 가산세 발생

근로소득으로 신고했어야 할 인건비를 사업소득으로 신고한 경우 다음 문제가 발생합니다.

  • 원천징수 불이행 가산세

  • 지급명세서 불성실 가산세

  • 상황에 따라 추가 세무조사 가능성

비용 자체가 부인되지 않더라도, 가산세 부담은 별도로 발생합니다.

3. 근로기준법 위반 리스크

근로자로 인정될 경우 다음 항목도 함께 문제 될 수 있습니다.

  • 근로계약서 미작성

  • 퇴직금 미지급

  • 연차휴가 및 주휴수당 미지급

  • 산재보험 미가입

이 중 일부는 행정 처분을 넘어 형사 처벌 대상이 될 수 있습니다.


“직원이 원해서 3.3%로 했다”는 이유는 통하지 않습니다

실무에서 가장 많이 나오는 말이

“직원이 4대보험 싫다고 해서 3.3%로 처리했다”입니다.

하지만 법적 책임은 사업주에게 있습니다.

근로자 본인의 요청 여부와 관계없이, 실질적인 근로 형태가 판단 기준입니다.

즉, 직원이 원했다고 해도 적발 시 책임은 사업주가 부담합니다.


정부 단속은 이미 진행 중입니다

최근 고용노동부는 ‘가짜 프리랜서 계약’에 대한 감독 강화를 공식적으로 언급했습니다.

국세청과의 정보 공유도 확대되고 있어 다음 경로로 적발되는 사례가 많습니다.

  • 퇴직 후 근로자의 신고

  • 산재 사고 발생

  • 고용보험, 세무 자료 간 불일치

  • 정기·비정기 세무조사

특히 소규모 사업장도 예외가 아니라는 점을 주의해야 합니다.


비용이 부담된다면?

4대보험료가 부담된다는 이유로 3.3%를 선택하는 경우가 많지만, 정부 지원 제도도 함께 고려해야 합니다.

  • 두루누리 사회보험 지원

  • 청년·고령자 고용 지원금

  • 통합고용세액공제

이러한 제도는 4대보험 가입이 전제 조건이기 때문에, 프리랜서 신고를 하면 오히려 받을 수 없습니다.

단기 비용 절감보다 중장기 구조가 더 중요합니다.


인건비 문제는 ‘신고 방식’보다 ‘구조 관리’가 핵심입니다

직원을 고용하는 순간 인건비는 고정비가 됩니다.

이를 편법으로 줄이려 하면, 나중에 더 큰 현금 유출로 돌아오는 경우가 많습니다.

급여, 보험료, 세금이 언제 통장에서 빠져나가는지 현금 흐름 기준으로 관리하는 것이 현실적인 대응 방식입니다.


클로브AI(Clobe.ai)를 활용하면 급여와 4대보험료, 세금 지출을 통장 기준으로 한 번에 확인할 수 있어

3.3% 신고와 같은 위험한 선택을 하기 전에 구조적으로 판단할 수 있습니다.

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